Tepelný cykler: Tepelný cykler je jadrovou súčasťou analyzátora PCR, ktorá sa používa na kontrolu cyklickej reakcie reakčného enzýmu a cieľovej vzorky pri rôznych teplotách. Tepelný cykler môže dosiahnuť rýchlu zmenu teploty prostredníctvom Peltierových prvkov alebo iných technológií a udržiavať špecifickú teplotu v každom cykle. Tepelný cykler zvyčajne obsahuje jeden alebo viac reakčných modulov, z ktorých každý môže nezávisle kontrolovať teplotu a čas na dosiahnutie súčasnej detekcie viacerých vzoriek.
Optický systém: Optický systém sa používa na detekciu a meranie fluorescenčného signálu generovaného reakciou PCR. Optický systém môže určiť prítomnosť a množstvo cieľa vzrušením fluorescenčného markera (ako je FAM, HEX alebo ROX) a detekciou jeho intenzity fluorescencie. Optický systém zvyčajne obsahuje jeden alebo viac zdrojov excitačného svetla, ako sú LED alebo laserové svetlá, a fluorescenčný detektor, ako je PMT (fotomultipliová trubica) alebo CCD (elektronický zobrazovací čip).
Softvérový systém: Softvérový systém sa používa na riadenie prevádzky a analýzy údajov analyzátora PCR. Softvérový systém analyzátora PCR vo všeobecnosti môže nastaviť reakčné podmienky, sledovať postup reakcie, zaznamenať reakčné údaje a analyzovať výsledky. Softvérový systém môže byť pripojený k analyzátoru PCR prostredníctvom USB, sériového portu alebo siete a poskytuje grafické nástroje rozhrania a analýzy údajov.
Vzorkovací systém: Systém odberu vzoriek sa používa na načítanie a zmiešanie reakčného systému PCR. Systém odberu vzoriek môže zvyčajne automaticky načítať vzorky a iné zlúčeniny, ako sú priméry a enzýmy, a miešať a vydávať ich pred začiatkom reakcie. Vzorkovací systém môže dosiahnuť zaťaženie a výdaj vzoriek cez potrubia, injekčné striekačky alebo iné prostriedky.
Systém obvodu: Systém obvodu sa používa na kontrolu a monitorovanie prevádzkového stavu analyzátora PCR vrátane teploty, času, intenzity fluorescencie a ďalších parametrov. Systém obvodu môže byť implementovaný mikrokontrolérom, procesorom digitálneho signálu alebo inými elektronickými komponentmi.
Mechanický systém: Mechanický systém sa používa na presun, nastavenie a riadenie mechanických častí analyzátora PCR, ako je tepelný cykler, optický systém a vzorkovací systém. Mechanický systém môže byť implementovaný prenosovým systémom, systémom pohonu a senzorovým systémom.